Le cours de microbiologie digestive est dédié aux étudiants de master biologie de la nutrition. Il est subdivisé en chapitres d'enseignement théorique, et accompagné de séances de travaux pratiques qui permettent la consolidation des  concepts acquis en cours et familiarisent l'étudiant avec les manipulations en laboratoire. Les quatre parties étudiés sont:  Diversité du microbiote intestinal, Rôles physiologiques de la flore intestinale et Stratégies de colonisation de l’écosystème digestif, Stratégies de colonisation du tube digestif par les espèces du microbiote intestinal et relations hôte –microbiote, probiotiques, prébiotiques et synbiotiques, Dysbiose du  microbiote  intestinal   et  relation  avec  les maladies humaines