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Résumé

Cette unité d’enseignement présente une vision globale des microorganismes sur les plans taxinomique, structural et écologique : archées, bactéries, cyanobactéries et grands phyla eucaryotes (exemple : protistes, champignons). Les cours porteront sur la diversité de ces microorganismes ainsi que sur leurs rôles dans le fonctionnement des écosystèmes et les cycles bio-géochimiques à différentes échelles tels que  l’écologie microbienne des zones hydrothermales l’écologie microbienne du tube digestif (bactéries, probiotiques, protistes).

Objectifs

- Introduction générale à la biodiversité des microorganismes (Procaryotes et Eucaryotes) – relations phylogénétiques et révision(s) de la taxinomie

- Biodiversité des Archées et branches les plus anciennes des Procaryotes

- Biodiversité des Eubactéries (protéobactéries, Actinobactéries, Firmicutes, etc)

- Biodiversité des Cyanobactéries, eucaryotes unicellulaires photosynthétiques d’observation) - Champignons microscopiques

- Biodiversité des Protistes

- Place des microorganismes dans les différents Ecosystèmes : rappel sur les notions d’écologie microbienne (compétition, mutualismes..) ; recyclage de la matière (C et N principalement) et bases génétiques (anammox / nitrification / dénitrification / fixation)

- Boucles microbiennes dans les milieux aquatiques (eaux douces et marines) et terrestres

- Impact des perturbations anthropiques sur ces groupes microbiens

- Changements globaux/facteurs abiotiques (T°, CO₂, nutriments, …)

- Exemples de symbioses : végétaux / bactéries - endophytes ; métazoaires / bactéries – protozoaires)

- Exemples de parasitisme : végétaux / champignons – oomycètes ; métazoaires / protistes pathogènes

- Inhibition biologique des plantes de la nitrification

- Donner à l’étudiant les généralités sur le monde des microorganismes, faire comprendre à l’étudiant l’existence de différents groupes microbiens, leurs rôles et pathogénicités.