Description du Cours : Microbiologie (2ème année Licence - Filière Sciences Biologiques)
Ce cours de microbiologie est conçu pour fournir aux étudiants de 2ème année Licence - Filière Sciences Biologiques une connaissance approfondie du monde microbien. Les apprenants exploreront les notions fondamentales relatives aux microorganismes, en mettant l'accent sur leur diversité, leur structure.
Le cours est structuré autour des axes principaux :
- Le Monde Microbien : Les étudiants commenceront par acquérir les notions essentielles concernant les différents types de microorganismes, leurs caractéristiques morphologiques, et leur place dans le monde vivant.
- Techniques d'Observation des Microorganismes : Les apprenants seront introduits aux diverses techniques utilisées pour observer les microorganismes, incluant la microscopie et les méthodes de coloration. Ils apprendront à manipuler ces outils de manière autonome pour visualiser et identifier les microorganismes.
- La Bactérie : Structure et Fonction : Ce volet se concentrera sur la compréhension détaillée de la structure cellulaire des bactéries et de leurs fonctions biologiques. Les étudiants étudieront les composants bactériens tels que la paroi cellulaire, la membrane plasmique, le cytoplasme, ainsi que les éléments accessoires comme les flagelles, les pili, et les plasmides.
- Classification Bactérienne : Une partie essentielle du cours sera dédiée à la classification des bactéries. Les étudiants seront capables de classifier les microorganismes selon leurs caractéristiques phénotypiques et génétiques, en utilisant les outils et les méthodes modernes de classification.
- Nutrition Bactérienne : Les étudiants exploreront les différentes sources de nutriments pour les bactéries et comprendront les mécanismes de transport des nutriments à travers la membrane cellulaire, ainsi que les voies métaboliques impliquées.
- Croissance Bactérienne : Les étudiants découvriront les techniques et les conditions nécessaires pour la culture et la croissance des microorganismes. Ils étudieront les facteurs influençant la croissance bactérienne et apprendront à appliquer ces connaissances dans des contextes pratiques.
- Notions de Mycologie et de Virologie : Ce segment introduira les concepts de base relatifs aux champignons et aux virus, en mettant l'accent sur leur structure, leur classification, et leur importance écologique et médicale.
Ce cours vise à doter les étudiants d'une base solide en microbiologie, à la fois théorique et pratique. Ils seront préparés à appliquer ces connaissances dans divers contextes scientifiques.
- Dr.MERAZI Yahya: Yahya MERAZI
Cette unité d'enseignement permet aux étudiants
de connaitre le rôle essentiel microorganismes dans le fonctionnement des
écosystèmes en en particulier, le recyclage des éléments. Elle présente les
différentes interactions au sein de cette communauté microbienne les facteurs
environnementaux influençant sur sa composition et son activité ainsi que le rôle des microorganismes dans les
phénomènes de biocorrosion, biofouling et biodécontamination à travers des conférences générales.
Contenu de la matière : Ecologie microbienne
- La biodiversité microbienne d'un écosystème.
- Les interactions entre micro-organismes.
- Les réseaux trophiques microbiens dans les milieux naturels.
- Le rôle des micro-organismes dans l'écosystème.
- Les interactions hôtes-microorganismes (symbiose, commensalisme, parasitisme,..).
- La biodiversité microbienne dans les cycles du carbone, l'azote, le soufre, le phosphate, etc.
Ecologie microbienne dans une matrice alimentaire : Source de contamination endogène et exogène et facteurs influençant la diversité et l’abondance microbienne dans un aliment
- Biodépollution : dépollution naturelle des milieux grâce aux micro-organismes et utilisation des micro-organismes dans le traitement des eaux usées ou des sols pollués.
- Les PGPR ;- Importance de la biodiversité microbienne dans des processus de transformation ou de fermentation de produits alimentaires.
Travaux dirigés
TD1-4 : Microbes et cycle de carbone, d’azote de soufre et de phosphore ; TD5 : Microbes et cycle de l’eau ; TD6 : Microbes et cycle d’oxygène ; TD7 : Microbes et cycle d’hydrogène ; TD8 : Microbes et cycle des métaux lourds.
Travail personnel : Sous forme d’exposé sur les thèmes de travaux dirigés présentés et analysés sous forme d’un débat scientifique divergente et approuvé sur le sujet
Mode d’évaluation : contrôle continu + travail personnel et examen semestriel.- Enseignant: BELHADRI Ahmed
Cette unité permet
aux étudiants de comprendre les relations entre les différentes
structures et les fonctions physiologiques et métaboliques de la cellule ;
de connaître et comprendre les principaux mécanismes permettant aux bactéries
d’acquérir et de transformer les différents nutriments essentiels à leur croissance
et de distinguer les différents types de métabolisme énergétique existant dans
le monde bactérien et en comprendre le fonctionnement et la régulation.
Contenu de la matière :
· Introduction: La cellule prokaryote (bactérie, structure et composition)
· Facteurs physico-chimiques influençant la croissance bactérienne.
· Division bactérienne, délai de croissance et délai des résultats.
· Dynamique de la croissance bactérienne et implication dans le diagnostic bactériologique
· Les mécanismes moléculaires du cycle cellulaire microbien.
· Biosynthèse et croissance bactérienne.
· Transport membranaire et communications cellulaires.
· Motilité et chimiotactisme.
· Les régulations globales ; la différenciation.
ü Régulation du métabolisme : Régulation de la synthèse des enzymes ; Régulation de l’activité enzymatique ; Métabolismes secondaires
· Energie, environnement et la survie microbienne
Travaux dirigés et Pratiques :
TP1 : Techniques de mesures la biomasse et cinétiques de croissance bactérienne
TP2 : Testes physiologiques utilisés dans l’identification bactérienne.
TD1 : Structure et composition de bactérie ; TD2 : Cycle cellulaire microbien ;TD3 : Transport membranaire, et TD4 : Métabolisme microbien
Mode d’évaluation : Contrôle continu et examens
- Enseignant: BELHADRI Ahmed
La bioénergétique est l'étude des transformations de
l'énergie apportée par le milieu extérieur à la cellule, et ce de façon
utilisable pour celle-ci. Ce thème est majeur pour comprendre les réactions
biochimiques du métabolisme énergétique.
I. Introduction au métabolisme et à la bioénergétique
II. Rappels des principes de la thermodynamique et de fonctions d'état
1. Premier principe ; énergie interne (U), Enthalpie (H)
2. Spontanéité d'un processus et relation avec la notion de réversibilité
3. Second principe ; Entropie (S)
5. Conditions d'états standard chimique et biochimique
51. Cas général
5.1.1. Cas d’une réaction (bio) chimique
5.1.2. Cas d’une réaction faisant intervenir des protons
5.2. Cas des réactions d’oxydo-réduction
III. Variation d'énergie libre de Gibbs et constante d'équilibre d'une réaction
1. établissement de la relation : ΔG = ΔG°' + RT Ln (rapport concentrations dans la cellule)
2. Processus à l'état stationnaire ou à l'état d'équilibre
3. Irréversibilité d'une réaction et régulation des voies métaboliques
IV. L'ATP : principale source d'énergie dans la cellule
1. Couplage des réactions biochimiques
2. Structure et hydrolyse de l'ATP
4. L'énergie d'hydrolyse de certains métabolites est couplée à la synthèse de l'ATP
6. Les enzymes et l'abaissement de l'énergie d'activation
B. TRAVAUX DIRIGES (TD)
2 : Thermodynamique biochimique
3 : Réactions d’oxydo-réduction
C. TRAVAIL PERSONNEL
Faire les exercices de la série non traités lors des TD comme devoir et le présenter à l’enseignant.
- Enseignant: BELHADRI Ahmed