يهدف مقياس فلسفة العلوم 2 –مشكلات-  إلي تمكين طلبة ماستر 1 فلسفة عربية إسلامية معاصرة من الوقوف على أهم مشكلات فلسفة العلوم من خلال مقرر دراسي موزع على أربعة محاور كبرى هي: المحور الأول: المشكلات الابستيمولوجية العامة للعلوم ، المحور الثاني: المشكلات الابستيمولوجية للعلوم الإنسانية، المحور الثالث: المشكلات الابستيمولوجية للعلوم الصورية (الرياضيات والمنطق)، المحور الرابع: المشكلات الابستيمولوجية للعلوم( العلوم الطبيعية).